A pesar del poco interés que puso Paracelso, en el tema de obtener oro, logró alcanzar la piedra filosofal, el "Magnus Opus" o "Grande Obra" y al salir triunfante de esta empresa, lo rechazó, por no ser la finalidad que perseguía su espíritu noble y desinteresado. Sus trabajos sobre ciencias ocultas, contienen frases oscuras que sólo los iniciados conocen en todo su valor. Los alquimistas siempre velaron sus secretos mediante símbolos y alegorías, que los profanos, tomándolos al pie de la letra, desconocían y hasta llegaban a darles las más grotescas interpretaciones. - "Atrás falsos discípulos, decía, que pretendéis que esta ciencia divina no tiene sino un fin, el de hacer oro y plata. La alquimia que deshonráis y prostituís, no tiene sino un fin: el de extraer la quinta esencia de las cosas y preparar los arcanos (extractos poderosos) las tinturas y los elixires que pueden devolver al hombre su salud perdida". Los grandes salones de las universidades fueron testigos de las continuas y violentas discusiones que arrebataban a Paracelso. Los escolásticos no comprendían el valor de sus investigaciones. - ¿Quién puede ser enemigo de la alquimia sin ser culpable? -les decía- Antes bien, es culpable quien no la practica correctamente, quien no la aplica en debida forma. Muchos de estos médicos que lo calumniaban y denigraban injustamente, a sus espaldas se aprovechaban de sus descubrimientos y le robaron muchas de sus ideas. Paracelso como médico de formación esotérica supo unificar las ciencias y las artes relacionadas con la armonía y la salud del hombre. La Filosofía, la Astrología y la Alquimia constituyen para él los tres principios fundamentales de la medicina. La primera capta la naturaleza invisible de las cosas, la segunda determina el influjo de los astros sobre el cuerpo humano y la tercera combina las virtudes de las diversas sustancias para obtener efectos terapéuticos. Los cuatro elementos son básicos en todas las cosas, y combina estos con otros tres principios. Cada sustancia o materia en crecimiento -enseñaba- está formada de Sal, Azufre y Mercurio; la fuerza de la vida consiste en la unión de los tres principios; hay, pues, una acción triple, la de purificación por medio de la sal; la de disolución y consumición por el azufre y la de eliminación por el mercurio, pero cada una de las materias también tiene su acción separadamente de las otras. Hay enfermedades simples y otras complicadas, que requieren de una curación mixta. Hay que poner el mayor cuidado en el examen de cada enfermedad, para reconocer si es simple, de dos especies, o triple; si procede de la sal, del azufre o del mercurio, y qué cantidad contiene de cada elemento o de todos, en resumen el médico debe procurar no confundir dos enfermedades. La Virtud añade Paracelso es la cuarta columna del templo de la Medicina, no se trata de fingir, hay que poseer no sólo la teoría sobre las enfermedades, sino, el poder de curarlas uno mismo. "Sólo aquél que puede curar enfermedades es médico. Ni los emperadores, ni los papas, ni los colegas, ni las escuelas superiores pueden crear médicos. Pueden conferir privilegios y hacer que una persona que no es médico, aparezca como si lo fuera; pueden darle permiso para matar, mas no pueden darle el poder de sanar; no pueden hacerle médico verdadero, si no ha sido ya ordenado por Dios". "El verdadero médico no se jacta de su habilidad ni alaba medicinas, ni procura monopolizar el derecho de explotar a los enfermos, pues sabe que la obra ha de alabar al maestro y el maestro a la obra". "Hay un conocimiento que deriva del hombre y otro que deriva de Dios por medio de la luz de la Naturaleza. El que no ha nacido para médico, nunca lo será. El médico debe ser leal y caritativo. El egoísta, hará muy poco a favor de sus enfermos. Conocer las experiencias de los demás, es muy útil para un médico, pero toda la ciencia de los libros no basta para hacer médico a un hombre, a menos que lo sea ya por naturaleza. Sólo Dios da la Sabiduría médica" | 
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